Dengan pertimbangan keputusan Dirjen Bimas
Kristen Departemen Agama RI untuk mengubah status sekolah cabang, pada tahun
1994, nama dan program STAN cabang diganti menjadi Akademi Teologi Salatiga
(ATS). Sementara pelayanan gereja semakin berkembang dan ATS juga semakin
menunjukkan tanda-tanda kemajuan positif, maka atas petunjuk Direktorat
Jenderal Bimas Kristen Departemen Agama RI agar mengubah program Akademi
menjadi Sekolah Tinggi, sehingga pada tahun 1995 ATS mengajukan perubahan nama
dan programnya menjadi Sekolah Tinggi Teologi Nusantara (STT Nusantara).
Pada tahun 1999 melalui akreditasi Direktorat
Jenderal Bimas Kristen Departemen Agama R.I. STT Nusantara memperoleh STATUS
TERDAFTAR melalui Surat Keputusan Menteri Agama R.I No. 354/1999 serta
dinyatakan dapat menyelenggarakan jenjang pendidikan Strata Satu (S1) jurusan
Theologi, Pada tahun 2004 melalui akreditasi yang kedua STATUS TERDAFTAR tetap
dapat dipertahankan melalui Surat Keputusan Dirjen Bimas Kristen Departemen
Agama R.I, No. DJ. III/Kep/IIK.00.5/33/584/2004. Dan pada tahun 2006 melalui
melalui akreditasi yang ketiga sekolah memperoleh STATUS DIAKUI melalui Surat
Keputusan Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama R.I,No.DJ.
III/Kep/HK.00.5/103/1352/2005, dan dapat mengikuti ujian Negara. Terakreditasi Berdasarkan Keputusan BAN-PT No.
403/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2014 Program Studi Sarjana Teologi/Kependetaan
tanggal 24 Oktober 2014